2044年的纽约，大反派朗格企图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵。忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗齐心协力反击敌人却败下阵来。怀抱着忍者最强武器——希望，莱昂纳多将其弟子凯西送回到过去时空，在过去时空里找…