西元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进…

时代设定在距离前作约20年后的西历2220年，大和号已经沉入了深海17年。但此时对人类来说最宝贵的地球却受到了前所未有的大危机，它将在半年后被不断向地球移动的黑洞卷入。这个黑洞有着300倍于太阳的质量，它巨大的重力影响下，连光线都…